Alex Mercer из экшена Prototype — жертва эксперимента, в результате которого он обрел сверхчеловеческие способности. Цена оказалась высокой: Мерсер лишился всех воспоминаний. Теперь он готов на все, чтобы узнать правду о своем прошлом. Поисками собственного «я» Мерсер занимается на просторах Манхеттена, который охвачен войной между мутантами (последствия того же эксперимента) и военными. Обе стороны считают Алекса врагом номер один. К счастью для героя, и к несчастью для его оппонентов, новые способности позволяют Мерсеру разделывать любых противников под орех.
Главным оружием Алекса служит его собственное тело. Он превращает руки в кувалды, когти, клинки, хлыст и щит, умеет мгновенно наращивать мышечную массу буквально из воздуха, чтобы поднимать тяжелые объекты. Помимо этого Мерсер может использовать огнестрельное оружие, а также управлять вертолетами, танками и БТР. Словом, этого парня лучше не спрашивать, как пройти в библиотеку — с ним вообще лучше не разговаривать. Благодаря мутации Алекс приобрел нечеловеческую ловкость, что позволяет ему совершать огромные прыжки и бегать по стенам. Также он запросто перевоплощается в любого человека. Вместе с внешностью Мерсер перенимает и воспоминания жертвы.
Поглощая одного человека за другим, Алекс Мерсер собирает информацию о себе и о чудовищных опытах, в которых невольно участвовал. Это один из главных антигероев компьютерных игр. В нем не осталось практически ничего человечного. Одержимый поиском правды и желанием отомстить, он без зазрения совести оставляет за собой сотни невинных жертв. Одной из них стал сержант Джеймс Хеллер. Его Мерсер в самом начале Prototype 2 заразил собственным вирусом, и тем самым превратил в себе подобного монстра.